Storia extra
Le storie extra sono una modalità di gioco alternativa esclusiva di Pikmin 3 Deluxe. Consiste in due storie extra con Olimar protagonista. In termini di gameplay, è molto simile alla modalità Missioni: ogni giornata ha un tempo limite, ma ha un obiettivo che può variare, dal raccogliere frutta e pepite al far sbocciare Pikmin al recuperare componenti.
L'avventura di Olimar
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L'avventura di Olimar è cronologicamente ambientata in contemporanea o poco prima rispetto agli eventi della storia principale. Qui, l'obiettivo di Olimar e Louie è, in tutte e quattro le spedizioni, quello di raccogliere frutti e pepite che valgono Piklari. Questa è la terza volta che Olimar mette piede su PNF-404.
L'altra avventura di Olimar
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L'altra avventura di Olimar, invece, prende piede dopo gli avvenimenti della trama principale. Una volta tornati su Hocotate grazie a un passaggio di Alph, Brittany e Charlie, il Presidente va su tutte le furie rimproverando Olimar e Louie di aver abbandonato un'intera nave spaziale sul pianeta. La nave in questione, anche se viene chiamata "prototipo della Dolphin", è l'Astronave Hocotate: c'è stato un errore di traduzione dalla versione giapponese. Così, il Presidente incarica i due Hocotatiani di tornare su PNF-404 per la quarta volta per andare a riprendere la nave, che però ha perso alcuni componenti; Olimar e Louie dovranno recuperarli per mettere in moto l'astronave.
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